أرسل بواسطة: bioComputer في أكتوبر 13, 2005, 08:16:23 صباحاً
مرحباً بكم فى اليوم الخامس من دورة مبادئ علم المعلومات الحيوية .... Bioinformatics ..
هاهى الايام تمضى سريعاً دون نعشر ...ولكن ببذل الجهد والتعب كان لها مذاق خاص ... مذاق النجاح ... خصوصاً اذا كان العمل خالصا للمواى عزوجل ... اللهم انفع بنا المسلمين واجعلنا من دعاتك الى دينك ومن عبادك المخلصين ,,,
أذكركم بمراجعة دروس اليوم الخامس والاخير ..
الدرس الخامس والاخير - جـ1
الدرس الخامس والاخير - جـ2
بانتظاكم مساء اليوم ان شاء الله
أرسل بواسطة: ابو يوسف في أكتوبر 13, 2005, 06:51:57 مساءاً
جزاك الله كل خير اخي العزيز الحسن
والله يعطيك العافية
سؤالي الاول هو: ما هو الكيلوبيز؟
أرسل بواسطة: أبو سلطان في أكتوبر 13, 2005, 08:24:54 مساءاً
الكيلوبيز = kilo base pair
الارتباط بين قاعدتين نيتروجينيتين يعرف بزوج من القواعد (Base Pairs). يحدد حجم
الجينوم البشري بعدد أزواج القواعد الموجودة في الخلية .ويعتقد أن خلايا الإنسان تحتوي
على حوالي 3 بلايين زوج من القواعدbp .
ويقاس شريط الدنا بوحدة (زوج القواعد Base Pairs) .والكيلو بيز = 1000 pb
تحياتي ......
أرسل بواسطة: ابو يوسف في أكتوبر 13, 2005, 08:29:26 مساءاً
جزاك الله كل خير اخي العزيز ابو سلطان
والbp تعلمناها بالدورة (يعني لا تقول يا بيوكمبيوتر اني ما درست
)لكن مصطلح الكيلوبيز كان جديدا علي (لا يكون مشروح عنه وانا مش داري
)
أرسل بواسطة: دمية الثلج في أكتوبر 14, 2005, 12:30:32 صباحاً
الله يعطيك العافية على هالمعلومات القيمة
وبالنسبة للدرس الأخير عندي عدة اسئلة منها في البداية :
الكوسميد ( Cosmids )
الكوسميد هو عبارة عن هجين من البلازميدات والفاج
هل تتم عملية القطع و الاصق كما عرفنا في الدرس الرابع على هذا النوع من النواقل اما انها موجودة بهذا الشكل
بمعنى وجودها لايخضع لتحكم البشر اي انا الكائنات الدقيقة هي التي قامت بتكوينها
( هذا ما فهمته )
وشكراااا
أرسل بواسطة: ابو يوسف في أكتوبر 14, 2005, 12:45:23 صباحاً
هل يمكن التوضيح اكثر عن الكوسميد؟
وما الذي يؤدي الى تهجينه من البلازميد والفاج؟
جزاكم الله كل خير
أرسل بواسطة: ابو يوسف في أكتوبر 14, 2005, 01:30:50 صباحاً
حيث لم يصل اخونا العزيز بيوكمبيوتر بعد
ماذا عن زحام اخينا ابو فيصل؟
أرسل بواسطة: Dawn Breeze في أكتوبر 14, 2005, 01:48:27 صباحاً
الغائب عذره معاه!
وبالنسبة لي، الكوسميد بحاجة لشرح أوسع قليلا.. :rock:
أرسل بواسطة: bioComputer في أكتوبر 14, 2005, 02:00:45 صباحاً
أرسل بواسطة: bioComputer في أكتوبر 14, 2005, 02:11:46 صباحاً
... لاحظوا ان هناك نوعان من النواقل وهما :1- البلازميد ( يأتى من البكتريا )
2- الفاج ( يأتى من الفيروسات )
ولكن الكوسميد ( Cosmids )
الكوسميد هو عبارة عن هجين من البلازميدات والفاج .
تمام كده ..
ولكن هل هذا الكوسميد طبيعى ؟؟
لا ... ولكن يتم عن طريق استخدام التنقيات الوارثية مثلما عرفنا فى الدروس السابقة .. ولكن طبعاً بمستوى اعلى من ذلك ...:0
أرسل بواسطة: bioComputer في أكتوبر 14, 2005, 02:24:00 صباحاً
أرسل بواسطة: Dawn Breeze في أكتوبر 14, 2005, 02:27:42 صباحاً
قبل قليل قلت لنفسي ان الدورة كأنها ناقصة من ناحية الربط بالكمبيوتر!!
الحمدلله الحواس عندي مازالت سليمة
أرسل بواسطة: bioComputer في أكتوبر 14, 2005, 02:30:24 صباحاً
اسئلة للنقاش
1- ماذا تعنى الكلمات الاتية : ampr و tetr ...؟؟؟
2- واين توجد ... وما فائدتها ؟؟
3- وماذا يعتى مشاهدتك طبق به مستعمرات بكتريا بعد كلونتها ،، نامية على مادة Ampicillin ؟؟
4- ما المقصود بـــ Polylinker ؟؟
أرسل بواسطة: bioComputer في أكتوبر 14, 2005, 02:32:33 صباحاً
| اقتباس |
الحمدلله الحواس عندي مازالت سليمة |
ههههههههه .... امال لة كنا طولنا الدروس شوية كان ايه الللى جرى ..!!!!!!!!
أرسل بواسطة: bioComputer في أكتوبر 14, 2005, 02:33:17 صباحاً
أرسل بواسطة: Dawn Breeze في أكتوبر 14, 2005, 02:44:40 صباحاً
| اقتباس |
| 1- ماذا تعنى الكلمات الاتية : ampr و tetr ...؟؟؟ |
هي اختصارات لأسماء الجينات المقاومة للمضادات الحيوية
| اقتباس |
| 2- واين توجد ... وما فائدتها ؟؟ |
توجد في الجينات الناقلة، وفائدتها: حماية العائل من تأثير المضادات الحيوية
| اقتباس |
| 3- وماذا يعتى مشاهدتك طبق به مستعمرات بكتريا بعد كلونتها ،، نامية على مادة Ampicillin ؟؟ |
يعني أن عملية الكلونة تمت بنجاح
| اقتباس |
| 4- ما المقصود بـــ Polylinker ؟؟ |
منطقة جينية بها العديد من مناطق التعرف على العديد من انزيمات القطع، لتسهيل عملية القطع واللصق
أرسل بواسطة: Dawn Breeze في أكتوبر 14, 2005, 02:47:54 صباحاً
| اقتباس | ||
ههههههههه .... امال لة كنا طولنا الدروس شوية كان ايه الللى جرى ..!!!!!!!! |
راح يتعب المحاضر مع الطلاب الكسلانين!!
| اقتباس |
| ان شاء الله سنعرف علاقة الدورة بالكمبيوتر عن طريق الدرس العملى ..:) |
إن شاء الله
بس متى راح يكون الدرس العملي؟
اتصور راح يكون معقد أكثر.. وممتع أكثر!!
أرسل بواسطة: Dawn Breeze في أكتوبر 14, 2005, 02:51:58 صباحاً
تصبحون على خير
أرسل بواسطة: bioComputer في أكتوبر 14, 2005, 03:06:37 صباحاً
أرسل بواسطة: bioComputer في أكتوبر 14, 2005, 03:07:47 صباحاً
| اقتباس |
طيب انا استأذن الآن على أمل أن يكون الاجتماع غدا بإذن الله تصبحون على خير |
فى امان الله
أرسل بواسطة: bioComputer في أكتوبر 14, 2005, 03:11:21 صباحاً
أرسل بواسطة: دمية الثلج في أكتوبر 14, 2005, 03:46:02 صباحاً
نوع من الجينات تحمي الكائن من تأثير المضادات الحيوية
3- وماذا يعتى مشاهدتك طبق به مستعمرات بكتريا بعد كلونتها ،، نامية على مادة Ampicillin ؟؟
دليل على ان عملية الكولنة نجحت
4- ما المقصود بـــ Polylinker ؟؟
منطقة جينية بها العديد من مناطق التعرف للعديد من انزيمات القطع حتى يمكن القطع واللصق للجينات بسهولة
ما هى وحدة التكاثر الذاتي... ولين توجد .. وما فائدتها ؟؟
البلازميد وتوجد في الخلايا البكتيرية تساعد على تكاثر الجين بمعزل عن الكروموسومات الموجودة في الخلية
أرسل بواسطة: أبو فيصل في أكتوبر 14, 2005, 04:18:41 صباحاً
جزاك الله عنا كل خير محاضرنا النبيل الحيوي ,, نسأل الله أن يضاعف لك الأجر والمثوبة وأن يجعل ماتقوم به من عمل خالص لوجهه الكريم ثم يتقبله منك ويجزل لك العطاء إنه جواد كريم .
بالمناسبة .. قد وعدتك بدعوةٍ في الحرم النبوي فأحببت أن أخبرك بأنني أوفيت بما وعدتك .. فدعوت لسائر أعضاء المنتدى والقائمين عليه وسائر أمة محمد عليه وعلى آله وصحبه أفضل الصلاة وأزكى التسليم .
تحياتي لشخصك الكريم وللمبدعين في هذه الدورة اللطيفة
أرسل بواسطة: ابو يوسف في أكتوبر 14, 2005, 09:25:41 صباحاً
| اقتباس (bioComputer @ 14/10/2005 الساعة 01:06) |
| ان شاء الله ساحاول طرح الدرس ظهر الغد باذن الله ... بشرط لا تنسونا من دعواتكم عند السحور ... ويبقى كرم من عندكم لو عند الافطار ..:) |
بانتظار الدرس العملي
بعد ظهر الغد تقصد بها السبت
أليس كذلك؟
تحياتي وتقديري لك
أرسل بواسطة: bioComputer في أكتوبر 14, 2005, 05:09:21 مساءاً
اخى الكريم جدا ابوفيصل ... لقد اثلجت صدى بهذا الخبر السعيد .. بشرك الله كما بشرتنى استاذى الفضيل ... اللهم اجمعنا جمعياً معاً واحشرنا مع خير الخلق فى جنات النعيم ...
اختى دمية الثلج ..
استاذى ابو يوسف
____
لا .. كنت اقصد الان ... ولكن الان فى دور برررررد صعب
قوى ... لذلك ساحاول وع الدرس مسلء اليوم ... وان لم اتمكن ففى صباح الغد ان شاء الله ...ولكن الدرس يتطلب تحميل برنامج مثل فلاش بلير للعمل عليه اسمه شوكويف بلير ( من نفس شركة الفلاش بره " ميكروميديا ..)
اما عن واجب الدورة فانا بحاجة للاتصال بك استاذى ابويوسف من اجل فع ملفات الواجب على النت ..
وشكرا لكم جمعيا
أرسل بواسطة: bioComputer في أكتوبر 15, 2005, 12:31:24 صباحاً
سؤال لذيذ
امامك قطعة من الدنا ... فكيف نستطبع عزل الجين المميز بالتتابع الاحمر اللون ؟؟ ماهى الانزيمات المستخدمة ومواقعها ؟؟
5' G C G C A G C T G A A T G C
G C G G C C G C C T G G A G … 3'
3' C G C G T C G AC T T A C G
C G C C G G C G G A C C T C … 5'
اخوانى لقد قمت بوع الجين داخل الاقواس ,, بدلا من موضوع اللون الذى يظهر باعلى
5' G C G C A G C T ( G A A T G C ) G C G G C C G C C T G G A G … 3'
3' C G C G T C G A ( C T T A C G ) C G C C G G C G G A C C T C … 5'
أرسل بواسطة: Dawn Breeze في أكتوبر 15, 2005, 01:00:39 صباحاً
محاولة..
نستخدم الانزيم القاطع bsmI
أرسل بواسطة: Dawn Breeze في أكتوبر 15, 2005, 01:04:26 صباحاً
دقائق وأعود
أرسل بواسطة: Dawn Breeze في أكتوبر 15, 2005, 01:45:12 صباحاً
هذه محاولتي:
1- باستخدام انزيم bsmI، سنحصل على الشريط
| اقتباس |
5' G C G C A G C T ( G A A T G C ) G |C G G C C G C C T G G A G … 3' 3' C G C G T C G A ( C T T A C |G ) C G C C G G C G G A C C T C … 5' |
2- باستخدام الانزيم AhiI، سنحصل على هذا الشريط
| اقتباس |
| 5' C T ( G A A T G C ) G 3' 3' G A ( C T T A C 5' |
3- نستخدم انزيم إضافة الفوسفات لإضافة القاعدة G للطرف 5 الحر من الشريط السفلي
| اقتباس |
5' C T ( G A A T G C ) G 3' 3' G A ( C T T A C G ) 5' |
4-باستخدام الانزيم النووي ExonucleaseIII: لنزع القاعدتين GوA من الشريط السفلي
ولنزع القاعدة C من الشريط العلوي
| اقتباس |
5' T ( G A A T G C ) G 3' 3' ( C T T A C G ) 5' |
5- نستخدم الانزيم النووي bal31 لنزع القاعدتين على طرفي الشريط العلوي
| اقتباس |
5' ( G A A T G C ) 3' 3' ( C T T A C G ) 5' |
أشك في هذا االحل!!
والله أعلم
أرسل بواسطة: bioComputer في أكتوبر 15, 2005, 01:46:59 صباحاً
أرسل بواسطة: Dawn Breeze في أكتوبر 15, 2005, 02:02:03 صباحاً
أرسل بواسطة: bioComputer في أكتوبر 15, 2005, 02:16:56 صباحاً
أرسل بواسطة: bioComputer في أكتوبر 15, 2005, 01:21:53 مساءاً
الجــــــــــــزء العمـــــــــلى
حسنا يا اخواتى نأتى الان الى الجزء العملى من الدورة ... ولكن هل تدون اولا لما سمى البيوانفوماتك بعلم المعلومات الحيوية ... لان هدفنا هو تجميع معلومات عن تتابع كل الكائنات الحية ... لاجاء التجاب والاختباات والتحاليل المطلوبة لدينا ...
وكمثال بسيط السؤال السابق ... مع ان التتابع قليل الا ان محتارين فى طريقة اخذ الجين .. ولا تعرف اى الانزيمات التى تستخدمها رغم اننا اخدنا فكرة عن قليل من الانزيمات وليست الانزيمات كلها ..!!!
فما بالك لوكان التتابع اضعاف اضعاف ما كتبته ... ماذا سيكون حالك عندها
أرسل بواسطة: bioComputer في أكتوبر 15, 2005, 01:30:59 مساءاً
ترى ماهى الاحما الامنية التى ستنتج عنه ...؟؟!!
تعالوا نفكر معا ...
النتاتج سيكون الاحماض الامنية التالية : Theronine-Leucine-Alanine
هذا فى حالة بدأنا التجمة من اول التتابع واهملنا اخر قاعدتين هكذا ACC UUA GCG UA
طب ما رايكم لو بدأنا الترجمة من القاعدة الثانية هكذا ... A CCU UAG CGU A
سيكون الناتج الاحما الاتية : Proline- Stop -Arginie
واخير لو بدأنا الترجمة من القاعدة الثالثة واهملنا اول قاعدتين .. : AC CUU AGC GUA
ويكون الناتج : Leucine-Serine-Valine ..
طبعاً الاختلاف واضح من النتائج الثلاثة .. وطبعاً هذا تتابع قصير جدا ..وفكرنا فيه هكذا ... فما باللك بالعديد من التتابعات .. كم الاحتمالات التى تستنج .. وكم من الوقت سنستغرق فى ايجادها !!!!!
لذلك فنحن بحاجة الى الكمبيوتر ... لتنظيم هذا الكم الهائل عليه من المعلومات ولالتوصل بسهولة الى النتائج التى نريدها .. عن طريق قواعد البيانات الضخمة ... الموجودة على شبكة الويب ... المجانية وغير المجانية .. التى يشترك فيها مراكز ابحاث عديدة وبلدن مختلف ...او كل فرد على حدى .. فبما هناك مراز ابحاث لها قواعد البياات الخاصة بها والتى لاتريد لاحد ان يتطلع عليها لما فيها من اسرار .. !!!!!
أرسل بواسطة: ابو يوسف في أكتوبر 15, 2005, 03:52:45 مساءاً
جزاك الله كل خير اخي العزيز بيوكمبيوتر
سمعت ايضا ان حاسبات عملاقة تستخدم في هذا المجال
أرسل بواسطة: Dawn Breeze في أكتوبر 15, 2005, 05:43:47 مساءاً
مداخلة: أستاذنا، ما علقت على محاولتي في عزل الجين!
أرسل بواسطة: bioComputer في أكتوبر 16, 2005, 12:50:30 صباحاً
يبدو انك عدبتيه بدون ان نحس ..ههههههههههه
بس ما شاء محاولة رائعة جدا وموفقة بنسبة 100 %
ومن الممكن ايضا ان يستخدم اولا هو انزيم Not I
|
5'… G C G G C C G C … 3'
3'… C G C C G G C G … 5'
|
بدلا من انزيم Bsm I الذى اخترتية
|
5'… G A A T G C N … 3'
3'… C T T A C G N … 5'
|
وكانت هتمشى مع بقية الانزيمات عادى ...
هى الفكرة كلها انه يمكنك استخدام العديد من الانزيمات لعمل نفس الشئ ... ولكن التخطيط الجيد هو الذى فرق هنا ... لان الانزيمات ليست ماكنية او الة تفعل ما نريده بالضبط بل هى مركبات كيمائية تخصع للعديد من العوامل التى تؤثر عليها ... حتى ان الكمبيوتر الذى يعتبر الة احيانا يعطل معانا .. فما بالك بلانزيمات ...
لذلك يراعى عند الكلونة عدم الافراط فى استخدام الانزيمات للدقة وايضا للتوفير ...
اتمنى ان تكون استمعت بحل المشكلة ... واظن بما انك طالبة حاسب كان الحل عن طريق زرى كنترول + f >>>
أرسل بواسطة: bioComputer في أكتوبر 16, 2005, 12:58:32 صباحاً
رابط الجزء العملى من الدورة
السلام عليكم ..
فى هذا رابط ستجدون انفسكم بداخل معمل احدى المستشفيات الطبية المحترمة ... ومهمتك هى معرفة الكائن الممرض ( نوع من البكتريا ) عن طريق الاحما النوية الخاصة به ..
طبعاً سقوم بعمل التكنيك الازم طبعا والعمل على الاجهزة وخلافه الى ان تصل الى تتابع خاص بالكائن ... وبعد ذلك عليك ستدخل الى موقع قواعد البيانات عبر الويب لتعرف تتابع الذى استخرجته يتبع اى كائن بالضبط ..
امامك عشرة دقائق لتنجز المهمة .... وسأنتظر منك النتيجة بعدها
http://www.hhmi.org/biointeractive/vlabs/bacterial_id/index.html
بالتوفيق
ستحتاج الى تحميل برنامج شوكويف بلير ..
أرسل بواسطة: Dawn Breeze في أكتوبر 16, 2005, 03:01:04 مساءاً
| اقتباس |
| بس ما شاء محاولة رائعة جدا وموفقة بنسبة 100 % |
الحمدلله، الله يبشرك بالخير يا أستاذ
..بصراحة ما توقعت يكون الحل صحيح
..| اقتباس |
| يبدو انك عدبتيه بدون ان نحس ..ههههههههههه |
لا ما عدلته، بس انا رديت كم مرة على التوالي، يمكن لهذا السبب
| اقتباس |
| واظن بما انك طالبة حاسب كان الحل عن طريق زرى كنترول +f |
لا لا، انا أشطر من الـctrl+f!
في الحقيقة رجعت للانزيمات في الدرس الثالث، واستخدمت جدول الانزيمات، واخترت انزيماتي من الجدول..
كان شغلي على ورقة علشان تكون عندي صورة واضحة للخطوات
أرسل بواسطة: Dawn Breeze في أكتوبر 16, 2005, 03:01:52 مساءاً
رائع فعلا، وطريقة عرض عملية جدا، تقرب صورة الوضع داخل المعمل.. يا ليت تكون عندنا مختبرات في مدارسنا وجامعاتنا بهذا المستوى وأحسن، حتى الطلبة، برأيي، راح يتشجعون للدراسة..
أيام المدرسة كنا "نتخيّل" كثير من التجارب؛ لسبب حفظناه: (الوزارة/المدرسة ما عندها إمكانيات
!!) الله يسامحهم!!الحمدلله بعد الدرس العملي، توصلت إلى نوع البكتيريا الصحيح..
جزاك الله خير على هذه الجهود الطيبة أستاذنا bioComputer، وبارك الله لك في علمك، ورزقنا جميعا حسن العمل..
أرسل بواسطة: ابو يوسف في أكتوبر 17, 2005, 12:06:23 صباحاً
اخي بيوكمبيوتر
الا تحتاجون قوى بشرية اضافية عندكم بالعمل؟
أرسل بواسطة: bioComputer في أكتوبر 17, 2005, 02:19:45 صباحاً
| اقتباس |
لا لا، انا أشطر من الـctrl+f! في الحقيقة رجعت للانزيمات في الدرس الثالث، واستخدمت جدول الانزيمات، واخترت انزيماتي من الجدول.. كان شغلي على ورقة علشان تكون عندي صورة واضحة للخطوات |
ما شاء الله عليك لديك صبر جميل ..:)
| اقتباس |
رائع فعلا، وطريقة عرض عملية جدا، تقرب صورة الوضع داخل المعمل.. يا ليت تكون عندنا مختبرات في مدارسنا وجامعاتنا بهذا المستوى وأحسن، حتى الطلبة، برأيي، راح يتشجعون للدراسة.. |
الحقبقة هذا ما سنسعى اليه فى موقعنا هنا ونأمل فى تحقبقه فى ثلاث سنوات من الان ان شاء الله ... وابقوا ورينا همتكم بقى
وربما بعد خمسة سنوات سنقتح جامعة العلوم التخيلية
( حلم وما هناك شئ على الله بعزيز ) ...