Advanced Search

عرض المشاركات

هنا يمكنك مشاهدة جميع المشاركات التى كتبها هذا العضو . لاحظ انه يمكنك فقط مشاهدة المشاركات التى كتبها فى الاقسام التى يسمح لك بدخولها فقط .


مواضيع - bioComputer

صفحات: 1 [2] 3 4
16

بسم الله الرحمن الرحيم




دورة البيوانفورماتك :: الدرس الرابع - جـ2




مصادر الدنا    Sources of DNA







1- الدنا الكرموسومى


الكرموسوم هو المصدر الاساسى للدنا والمعلومات الوارثية .. فعندما نحتاج الى دارسة جين معين ولدى بعض المعلومات حول تتابع الجين وموضعه يمكنك استخلاص الدنا من خلال الخلية التى تريدها عن طريق انزيمات القطع لتعزل الجين الدى تريده .

ولكن طبعاً هدا بعد التخطيط الجيد لما تريد عمله ومعرفة مثلاً الانزيمات التى ستسخدمها ومكان قطعها وعدد مرات القطع وعدد القطع الناتجة وايضاً حجم الجينوم كله .. الخ

ويمكن استخدام الكرموسوم ككل فقط فى الخلايا الأولية النواة فقط .
ولكن هناك مشكلة بسيطة عند العمل مع الخلايا حقيقة النواة لانها تحتوى على مناطق لا يمكن ترجمتها الى بروتين تسمى دخلون Intron غير معلوم وظيفتها بالضبط ولكن يرجح انها تعمل كمنظم وللتحكم فى
تتابع الدنا .

يتكون تتابع الدنا الكرموسوم فى حقيقات النواة من تتابعين هما :
1- خرجون او الإكسوناتExon  :
وهو الجزء من التتابع الدى يتم نسخه الى شريط الرنا الرسول ليتم ترجمته الى بروتين وهو يمثل الجزء الصغير من الكرموسوم وتمثل حوالى 5%
2- دخلون او الإنترونات Intron:
وهو تتابع الدنا الدى يتخلل خرجون او الإكسوناتExon  .والدخلون او الإنترونات Intron تكون الجزء الاكبر من الكرموسوم ويمثل حوالى 95% .ولكن برغم دلك لا يتم نسخه الى شريط الرنا الرسول ليتم ترجمته الى بروتين .

لدلك ينبغى التخلص من دلك التتابع الخاص بالدخلون حتى يمكن الحصول على الجين ويتم دلك بطريقتين :
اما استخلاص الرنا الرسول الدى يكون منسوخ من تتابع الخرجون فى الجين (وهدا ما سناقشه فيما بعد ).
او عن طريق ازالة الدخلون من الجين عن طريق انزيم السبيلكيز Splicase  ..
وهو الدى يحول شريط الدنا الغير ناضج او بالغ  Immature( اى يحتوى على خرجون ودخلون معا ) الى شريط الدنا الناضج Mature ( اى يحتوى على خرجون فقط ) .
وبدلك يمكن اجراء عملية عزل الجين من حقيقات النواة بعدما تم التخلص من الدخلون .

17



بسم الله الرحمن الرحيم



دورة البيوانفورماتك :: الدرس الرابع - جـ1



لصق الجين بالبلازميد





نقل الجين الى البلازميد :


ما هو البلازميد :
هو عبارة شريط من الدنا على هيئة دائرة ووهى تتواجد بشكل رئيسى فى خلايا البكتريا المختلفة وبعض أنواع الخمائر، وشريط الدنا هذا هو الذى يتضاعف بشكل رئيسى ومستقل عن الكرموسومات .
وهى عادة تتضاعف نفسها قبل ان تنقسم الخلية البكترية وهكذا يتم توارثها وانتقالها الى الخلايا الاخرى الناتجة عن عملية الانقسام .
وللبلاسميد وظائف كثيرة منها انه يحتوى على جينات معينة تساهم فى مساعدة البكتريا على مقاومة المضادات الحيوية . ولذلك فان المضادات الحيوية التى يأخذها الانسان فى حالة الالتهابات قد تفقد مفعولها الدوائى نتيجة نشاط الجينات الموجودة فى البلازميد ..!!







18
السلام عليكم ورحمة الله وبركاته ..

كيف حالكم اخوانى .. ارجو من الله ان تكون فى خير ....

لظرف خارج عن ارادتى بسب سفر احد زملائى فى العمل للعمرة ..( ربنا يوعدنا ونحصله ان شاء الله ) ... تم تغيير معياد عملى  من الفترة الصباحية الى الفترة المسائية ...

والصراحة فى غاية الخجل منكم بسب هذا الامر   .. لذلك استاذنكم فى تغيير معياد الدورة خصوصا غدا ختى تستقر الامور ..

ففى صباح الغد ساطرح الدرس كما هو معتاد .. وساقوم ايضا بطرح اسئلة النقاش كما تعودنا .. ولكن لن استطيع ان اعدكم بان موجود فى المساء لاننى لا اعرف بالضبط ماهو الموعد المحدد الذى ساكون متواجد فيه حيث عملى يبنتهى فى الساعة العاشرة بمصر وعندكم الحادية عشر .. ومسافة الوصول الى اقرب مكان استطيع الحديث معكم فيه لن تقل عن ساعة اخرى تقريبا ..

لذلم تقبلوا عذرى بعدم التواجد غدا حتى نتفق على موعد اخر ناتقى فيه جمعياً مباشرة قدر الامكان زز
واتمنى ان تقوموا بطرخ الاوقات المناسبة لكم نهارا حتى اقوم بالتنسيق مع المشرفين والاتفاق على نوعد ممحد باذن ....

شكرا لكم وتقبلوا خالص اعتذراى .. اخيكم  الحسن ..

19
السلام عليكم ورحمة الله وبركاته ...  
مرحباً بكم فى اليوم الثانى من  دورة مبادئ علم المعلومات الحيوية .... Bioinformatics ..

أذكركم بمراجعة درس اليوم الثالث للاهمية ..( بدأنا الجد '<img'> )



وصلة للدرس الثالث


اللقاء الثالث في ملف pdf


'<img'>

20


بسم الله الرحمن الرحيم



الدرس الثالث



تقنيات الهندسة الوارثية






الهندسة الوراثية ( Genetic Engineering ) :


هي علم يهتم بدراسة التكوين الوراثي والتركيب الجينى للكائنات الحية ، من نبات وحيوان وإنسان ، ويستهدف معرفة القوانين التي تتحكم بالصفات الوراثية من أجل التدخل فيها تدخلاً إيجابياً ، وتعديلها أو إصلاح العيوب التي تطرأ عليها ، وقـد تمكن العلمـاء في السنوات الأخيرة من معرفـة الكثير مـن أسـرار الشيفرة الوراثية ( Genetic Code ) لبعض الحيوانات والنباتات والإنسان وأصبحوا قادرين بفضل الله تعالى على فعلِ شيءٍ من التَّغيير في الصِّفات الوراثيَّة للمخلوق ، كما تمكنوا من إنتاج أعضاء حية بالاعتماد على تقنية الهندسة الوراثية وعلم الجنين .

 وقد تمكن العلماء مؤخراً باستخدام طريقـة الاستنساخ ( Cloning ) من إنتـاج نُسَخٍ ( Copies ) من المخلوقات الحية انطلاقاً من خلايا غير جنسيَّة أخذوها من المخلوق الأصل ، ويأمل العلماء من تقنية الهندسة الوراثية أن تحلَّ لهم الكثير من المشكلات الطبية الراهنـة التي لا يمكن حلُّها بغير هذه التقنيـة .

 ومن أمثلة هده التطبيقات إنتاج أعضاء بديلة ( Substitute Organs ) لاستخدامها في زراعة الأعضـاء ( Organ Transplantation ) بدلاً من الأعضاء التالفة أو المريضة ، وذلك بأن يُنتج العضوُ المطلوبُ عن طريق خلية تؤخذ من جسم المريض نفسه ثم تزرع في مزارع خاصة أو في جسم أحد الحيوانات ، ثم يتم تحفيزها على التكاثر من أجل تشكيل العضو الجديد ، وبعد ذلك يُنزع العضو ويُزرع في جسم المريض ، وهي طريقة أفضل من الطريقة المتبعة اليوم التي يُؤخذ فيها العضوُ من أحد الأشخاص المتبرعين ويُزرع في آخر ، لأنَّ هذه الطريقة الأخيرة تسبب ظاهرة الرفض ( Rejection ) للعضو المزروع وتنتهي بفشل عملية الزراعة في كثير من الحالات .

كما يأمل العلماء مستقبلاً أنْ يسخِّروا الهندسة الوراثية في الوقاية من الأمراض الوراثية ، ومعالجة الكثير من التشوهات الخَلْقيَّة التي تشكل عبئاً اجتماعياً ونفسياً ومالياً ثقيلاً على المجتمع !

21
السلام عليكم ورحمة الله وبركاته ...  
مرحباً بكم فى اليوم الثانى من  دورة مبادئ علم المعلومات الحيوية .... Bioinformatics ..



أذكركم بمراجعة دروس اليوم الثانى للاهمية ..

دورة البيوانفورماتك :: الدرس الثانى جـ 1


دورة البيوانفورماتك :: الدرس الثانى جـ 2

لتحميل الدرس الثانى - الجزء الأول على هيئة ملف pdf


لتحميل الدرس الثانى - جـ 2 على هيئة ملف pdf





'<img'>




22


بسم الله الرحمن الرحيم



دورة البيوانفورماتك :: الدرس الثانى جـ 2


الشفرة الوارثية







علمنا معاً أن اللغة الوارثية مكونة من اربع احرف هى( A – T– G - C  ) بينما البروتين يتكون من 20 نوع من وحدات البناء تسمى  الأحماض الأمينية .
وتترابط الأحماض  الأمينية مع بعضها البعض بترتيب معين وبعدد معين لصنع البروتين المطلوب ... كل هدا يجعلنا نتسأل هدا السؤال  المهم :

كيف يمكن للترتيبات المكونة من الحروف الاربعة ( النيوكليوتيدات الاربعة ) أن تصف وتحدد الـــ20 نوعاً من  الأحماض الأمينية فى البروتين ؟!!!  ما الحل ؟؟



الحل هو أن نجعل كل 3   نيوكليوتيدات  مصفوفة بعضها الى  جوار البعض فى الجين لتحدد او لتصف حمضاً أمنيا واحداً فى البروتين .
فبكل بساطة عندما يتم تحديد ترتيبات مكونة من 3 نيوكليوتيدات بحيث يعنى كل ترتيب كلمة شفرية يناظره حمض أمينى واحد .وعلى هدا فأن ترتيب هده الكلمات الشفرية على الجين يخبر الخلية بترتيب الأحماض الأمينية المطلوب لبناء البروتين معين .
وبدلك تستطيع الحروف الاربعة  النيوكليوتيدات المختلفة أن تكون 64 كلمة شفرية .







وبما أن الشغرة الوارثية لا تحتاج الا لوصف 20 حمض أمينياً..فان بعض هده الكلمات ذات الحروف الثلاثة تصف نفس الحمض ..فهناك حمض أمينى اسمه ليوسين يمكن أن يتحدد بأى واحدة من الكلمات الاتية
 U C G أو  U C A أو U C C  أو   U C U
( يمكنك معرفة المزيد بالنظر الى جدول الشفرة الوارثية )
وهناك أيضاً بعض الكلمات الشفرية التى تحدد بداية الجين ونهايته .



كما أن هناك ترتيبات معينة من النيوكليوتيدات تعمل مثل الاشارات التى تواجه البروتينات المنظمة لعمل الجينات .فبعض هده الاشارات تعطى رسالة للبروتين المنظم أن ينشط الجين أو يقوم بعمل نسخة منه لارسالها الى مصانع البروتين




23


بسم الله الرحمن الرحيم




الدرس الثانى - الجزء الأول



الأحماض النووية





الاحماض النووية  :
من المركبات الأساسية التي تدخل في تكوين الكائن الحي حيث هى التى تكون الجينات.
سميت بالأحماض النووية لوجودها بكثرة في النواة. توجد في نواة الخلية ذات النواة الحقيقية (Eukaryotic cell). أو في سيتوبلازم الخلية ذات النواة الأولية (Prokaryotic cell) لانها لا يوجد بها نواة اصلاً .

والاحماض النووية عبارة عن نوعان  هما :
1- الدنا ( الـــ الدى ان اى  DNA )..
2- الرنا ( الـــ الدر ان اى  RNA ).. وهو ينقسم الى ثلاثة انواع ..



اولا : الدنا ( الـــ الدى ان اى  DNA )..                                      


الدنا مجموعة خيوط رفيعة الى درجة لايصدفها عقل !!!
وتوجد فى كل خلية بجسم الانسان .وهو الذى يكون الجينات التى تكون مرصوصة بعضها الى جوار البعض بطول هده الخيوط التى تحتوى على معلومات ووصفات معينة لصنع البروتينات التى تبنيها الخلية من أجل أن تعيش وتؤدى وظائفها .



اخذ اسم شريط الدنا  (الدى ان اى  DNA )  من الاحرف الاولى لــــ :
الحمض النووي المؤكسد باللغة الانجليزية
(دى اوكسى ريبو نيويليك اسيد DeoxyriboNucleic Acid ) .
و الاحماض النووية ( Nucleic Acid) مركبة من سلسلة متتابعة من  النيوكليدات(Nucleotides ) . حيث تعتبر النيوكلتيدات هى الوحدة البنائية للاحماض النووية .






وتتكون النيوكلتيدات من ثلاثة أنوع من المركبات:


1- فوسفات( Phosphate)
2- سكر( Sugar)  خماسي الكربون وهو سكر الرايبوز أو دي – أوكسي – رايبوز.
3- قاعدة نيتروجينية (Nitrogenous base ).تتبع البيورينات أو البيرميدينات..





الحمض النووي دي إن إي له تركيبة واحدة في الإنسان وفي كل الكائنات الحية.
 ويتكون شريط الدنا من سلسلتين متقابلتين تتلفان بعضهما جوار بعض على شكل سلم حلزونى .
وتتكون درجات هذا السلم من وحدات من السكر والفوسفات بالاضافة الى أربعة مركبات كيميائية عبارة عن مجموعة من القواعد النيتروجينية  تسمى بالنيوكليوتيدات nucleotides وهي: الأدنين أ (A) و الثيمين ث (T) و السيتوزين  س © و الجوانين  ج (G).


والتى تكون بمثاية الحروف الأربعة التى تكتب بها اللغة الوارثية على الدنا
فالجين  ما هو الا قطعةمن الدنا تحتوى على الاف من ترتيبات مختلفة من النيوكلتيدات على كرموسوم  واحد وهو يحتوى على جميع المعلومات الوارثية التى تحدد صفات الخلية والكائن الحى .





وتتكون كل درجة من سلم الدنا من اثنتين من النيوكلتيدات المترابطة بعضها ببعض فى صداقة أبدية عن طريق القواعد النتروجنية .
فنجد أن أ (A) خضراء اللون ترتبط دائما مع الصفراء اللون ث (T) و ث (T) ترتبط مع أ (A) دون غيرها
وكذلك ترتبط س ©  الزرقاء اللون مع ج (G) الحمراء اللون دائما دون غيرها ..ولم يحدث أبداً ان ارتبطت واحدة فى غير مكانها .





وهذا الارتباط بين قاعدتين يعرف بزوج من القواعد (Base Pairs). يحدد حجم الجينوم البشري بعدد أزواج  القواعد الموجودة في الخلية .ويعتقد أن خلايا الإنسان تحتوي على حوالي 3 بلايين زوج من القواعدbp  .

ويقاس شريط الدنا بوحدة (زوج القواعد Base Pairs) . اى عدد ازواج القواعد النتروجنية فى شريط الدنا
وعلى سبيل المثال الشريط الدى تراه فى الصورة امامك مكون من 22 زوج من القواعد (bp 22 ) ..
هل تحاول عدهم ..!!





فهذه النيوكليوتيدات تصطف جنبا الى جنب لتكون سلك طويل و مترابط و ذلك عن طريق رابطة فوسفاتية تربط السكر الذي قبلها بالسطر الذي  بعدها (و بالتحديد تربط الكربون رقم 5 في السكر الاول بالكربون رقم 3 في السكر الذي يليها).و هكذا ييستمر هذا الخيط الطويل من النيوكليوتيدات.
اما القواعد النتروجينية فهى ترتبط مع بعض عن طريق الروابط الهيدروجنية الضعيفة بواسطة ذارت الهيدروجين .



و الدنا هو عبارة عن خيطين من من تلك النيوكليوتيدات متلاصقين و مجدولين كما تجدل ضفيرة الشعر و ذلك بشكل محكم و دقيق و يحافظ على ذلك النظام الروابط التي بين هذه المركبات خاصة الروابط الفسفورية و الروابط التي بين االقواعد النيتروجينية.و لذلك فانه يطلق على الدنا سلسلة الدي ان اي(DNA CHAIN ) كما هو شائع بين المختصين.


وهذا ايضاً يعنى اذا شققنا السلم طولياً من المنتصف بحيث تنفصل كل سلسلة من النيوكليوتيدات عن الأخرى ثم نظرنا الى الى احدى السلسلتين وترتيب النيوكليوتيدات فاننا نستطيع ان نعرف ترتيب النيوكليوتيدات الأخرى على السلسلة الأخرى حتى ولم نراها...!!



وبهدا نحصل على سلمين من الدنا يحتوى كل منهما على نفس الترتيب من النيوكليوتيدات
وتحصل هده العملية أثناء أنقسام الخلية حيث يتم نسخ الدنا DNA الى أثنين حتى تحصل كل خلية جديدةعلى نسخى طبق الأصل من النسخة التى تحصل عليها الخلية الاخرى وهناك نسخ مفردة تخرج الى خارج الخلية فيها معلومات لتكوين البروتينات وهو ما يسمى بالرنا RNA  الدى سنتوجه اليه بالحديث الان .



ملحوظة :


تسلسل القواعد على شريط الدنا يشار اليه من الطرف خمسة 5 الى الطرف ثلاثة 3 دائما .



ويتم تسمية الشريط العلوى بواطوسون Watson والسفلى بكريك Crick تخليداً لدكرى العالمين .





24
بسم الله الرحمن الرحيم



السلام عليكم ورحمة الله وبركاته ...  
مرحباً بكم فى دورة مبادئ علم المعلومات الحيوية .... Bioinformatics ..

من قدر الله توفيق ان يكن يومنا هذا فجر شهر رمضان المبارك ..
اهنئكم جمعياً بهذا الشهر الكريم ..فكم يسعد المرء بقدوم هذا الشهر المبارك ..
كل عام وانتم الى الله اقرب واعانكم الله على صيامه وقيامه .

بدأ الموسم وبدأ التجار في الكسب ومن ليلتنا يكون العطاء ويكون النظر من الحق جل جلالة

فاقول لاهل الربح كل عام وانتم بخير
 '<img'>




25


بسم الله الرحمن الرحيم



الدرس الأول - الجزء الثانى




التركيب الداخلي للخلايا:



التركيب الداخلي للخلايا:

الخلية الحية : الخلية هي أصغر وحدة حية معروفة، وتنقسم خلايا الكائنات الحية من حيث التركيب الداخلي إلى قسمين هي :

خلايا ذات النواة الأولية ( Prokaryotic cells) (شكل-2).
حيث لا يوجد غشاء محيط بالمادة الوراثية .مثل البكتيريا بأنواعها
خلايا ذات النواة الحقيقية (Eukaryotic cells) . ( شكل-1) .
حيث يوجد غشاء محيط بالمادة الوراثية .مثل كل الأحياء متعددة الخلايا (  Multi cellular ) مثل الإنسان والنبات و بعض الأحياء وحيدة الخلية مثل فطر الخميرة . وهى توجد في بقية الكائنات الحية.
والفرق الأساسي بين هذين النوعين هو :
أن الخلية ذات النواة الأولية تفتقر نواتها إلى الغشاء النووي
الخلية ذات النواة الحقيقية يوجد بها الغشاء النووي محيطا بالنواة.


حقيقة النواة  Eukaryotes  (شكل رقم -1 )



خلية أولية النواة Prokaryote  (شكل رقم -2 )





جدول يوضح الفروق الرئيسية بين الخلايا متميز النواة والخلايا غير متميزة النواة :









26

بسم الله الرحمن الرحيم


الدرس الأول - الجزء الأول




السلام عليكم ورحمة الله وبركاته ...  ':010:'
مرحباً بكم فى دورة مبادئ علم المعلومات الحيوية .... Bioinformatics ..
ان شاء سيكون الدرس الأول سهلا وبسيطاً ... فهو ليس الا مراجعة لما درسته قديماً فى التعليم ':200:'
ولا تنسوا ....... بانتظاركم جمعياً فى نقاش الدرس اليوم الساعة العاشرة والنصف مساء بقسم الاحياء العام باذن الله .


_


الخلية وحدة بناء الكائن الحى





تتكون أجسامنا وأجسام جميع الكائنات الحية على الارض من الخلايا الحية.
وهى وحدات دقيقة جداً بحيث اننا نحتاج 1000 خلية مرصوصة بجوار بعضها لتغطى سنتيمترا واحداً .
وتعتير كل خلية مثل كائن حى صغير ..ويتجمع العديد منها لتكوين الكائنات الحية .
ويحتوى جسم الانسان على مئات الانواع من الخلايا ذات الأشكال المختلفة والتى تؤدى وظائف مختلفة مثل خلايا الدم الحمراء والبيضاء والخلايا العضلية والخلايا العصبية وخلايا الجلد
وتوجد ملايين البلايين من الخلايا التى تكون كل جزء فى الجسم سواء كان لينا أم جامداً أم صلباً ... وهى متنوعة . هناك الخلايا الجلدية ، الخلايا العصبية ، الخلايا العضلية ، الخلايا الجنسية ( البويضة والحيوان المنوي )إلى أخر أنواع الخلايا. فبعض هذه الخلايا يتحرك فى دمك وبعضها يجعلك تفكر وتشعر والبعض الاخر ينقبض حتى تستطيع ان تتحرك .
وتتلاصق الخلايا المتشابهة بعضها البعض كالبنيان المرصوص لتكون الانسجة  المحتلفة ..
فخلايا الجلد تتلصق بعضها ببعض لتكون الجلد ...وجميع خلايا الجسم تموت ولكن أجسامنا وباستمرار تنتج خلايا جديده على مدار الساعة لتعويض النقص ويستثنى من ذلك  الخلايا العصبية .ولعلك قد تكون لاحظت أحيانا وجود قشور وتسلخات في جلدك بعد تعرضك للشمس . هذه هي خلايا ميتة ويحل محلها خلايا جديدة من طبقة الجلد السفلية .






مم تتكون الخلايا ؟
مثلما تتكون المبانى من وحدة بنائية هى الطوب فكذلك الخلية تعتبر هى وحدة بناء الكائن الحى .
وبينما الطوب مصنوع من الاسمنت فكذلك الخلية مكونة من مادة تسمى بروتين.يحصل جسمنا على هذه المادة ( البروتين ) من الغذاء اليومي بعد أن تهضمه المعدة ويتحلل إلى أحماض امينيه .

بالاضافة الى البروتين تتكون الخلايا ً من عدة مواد مختلفة مثل الدهنيات والسكريات والاحماض النووية مثل DNA و RNA .. ووتتفاعل الجزئيات الحيوية بعضها مع ببعض لتكون أجهزة الخلايا المختلفة لتتحد بعضها مع بعض لتكون جسم الكائن الحى .







28
منتدى الاحياء العام / فلاشات عن الدنا ان ايه DNA
« في: سبتمبر 01, 2005, 12:43:14 مساءاً »
فلاش بدائى بس لذيذ ..
يحكى تاريخ الداى ان ايه وكيفية عزله

http://www.heureka.fi/exhibitions/avoimet/flash/dna_eng.swf

29
منتدى الاحياء العام / عروض: مشروع الجينوم البشرى
« في: سبتمبر 01, 2005, 11:49:53 صباحاً »
Human Genome Project
File Format: Microsoft Powerpoint 97

"
Human Genome Project. What did they do? Why did they do it? What will it mean for humankind? ... Human genome content. 1-2 % codes for protein products ..."

www.people.whitman.edu/~hutchidw/ Human%20Genome%20Project.ppt




30
منتدى الاحياء العام / افلام تعليمية ...البصمات "عربى"
« في: سبتمبر 01, 2005, 11:24:01 صباحاً »
تفضلوا

http://www.smsec.com/fun1/goodmor/series1_ays_002.WMV

print.wmv    4.7 M.B

صفحات: 1 [2] 3 4