نقاش الدرس الخامس والاخير ..

[Dawn Breeze]

نلقاكم في المساءعلى خير إن شاء الله..

[bioComputer]

فى امان الله اختى  '>

[bioComputer]

الجــــــــــــزء العمـــــــــلى

حسنا يا اخواتى نأتى الان الى الجزء العملى من الدورة ... ولكن هل تدون اولا لما سمى البيوانفوماتك بعلم المعلومات الحيوية ... لان هدفنا هو تجميع معلومات عن تتابع كل الكائنات الحية ... لاجاء التجاب والاختباات والتحاليل المطلوبة لدينا ...

وكمثال بسيط السؤال السابق ... مع ان التتابع قليل الا ان محتارين  فى طريقة اخذ الجين .. ولا تعرف اى الانزيمات التى تستخدمها رغم اننا اخدنا فكرة عن قليل من الانزيمات وليست الانزيمات كلها ..!!!

فما بالك لوكان التتابع اضعاف اضعاف ما كتبته ... ماذا سيكون حالك عندها      

[bioComputer]

وتعالوا نعقد المسالة شوية لدينا هذا التتابع من حمض الرنا ...ACCUUAGCGUA
ترى ماهى الاحما الامنية التى ستنتج عنه ...؟؟!!


تعالوا نفكر معا  ...

النتاتج سيكون الاحماض الامنية التالية : Theronine-Leucine-Alanine
هذا فى حالة بدأنا التجمة من اول التتابع واهملنا اخر قاعدتين هكذا ACC UUA GCG UA



طب ما رايكم  لو بدأنا الترجمة من القاعدة الثانية هكذا ... A CCU UAG CGU A
سيكون الناتج الاحما الاتية : Proline- Stop -Arginie


واخير لو بدأنا الترجمة من القاعدة الثالثة واهملنا اول قاعدتين .. : AC CUU AGC GUA
ويكون الناتج : Leucine-Serine-Valine ..

طبعاً الاختلاف واضح من النتائج الثلاثة .. وطبعاً هذا تتابع قصير جدا ..وفكرنا فيه هكذا ... فما باللك بالعديد من التتابعات ..  كم الاحتمالات التى تستنج .. وكم من الوقت سنستغرق فى ايجادها !!!!!

لذلك فنحن بحاجة الى الكمبيوتر ... لتنظيم هذا الكم الهائل عليه  من المعلومات ولالتوصل بسهولة الى النتائج التى نريدها .. عن طريق قواعد البيانات الضخمة ... الموجودة على شبكة الويب ... المجانية وغير المجانية .. التى يشترك فيها مراكز ابحاث عديدة وبلدن مختلف ...او كل فرد على حدى .. فبما هناك مراز ابحاث لها قواعد البياات الخاصة بها والتى لاتريد لاحد ان يتطلع عليها لما فيها من اسرار .. !!!!!

[ابو يوسف]

السلام عليكم

جزاك الله كل خير اخي العزيز بيوكمبيوتر

سمعت ايضا ان حاسبات عملاقة تستخدم في هذا المجال

'>

[Dawn Breeze]

السلام عليكم ورحمة الله وبركاته

مداخلة: أستاذنا، ما علقت على محاولتي في عزل الجين!

[bioComputer]

الاخت نسمة الفجر لم اكن شاهدت ردك الا الان ...
يبدو انك عدبتيه بدون ان نحس ..ههههههههههه

بس ما شاء محاولة رائعة جدا وموفقة بنسبة 100 %      

ومن الممكن ايضا  ان يستخدم اولا هو انزيم Not I
                           |
5'… G C G G C C G C … 3'
3'… C G C C G G C G … 5'
               |

بدلا من انزيم Bsm I الذى اخترتية
         |
5'… G A A T G C N … 3'
3'… C T T A C G N … 5'
             |


وكانت هتمشى مع بقية الانزيمات عادى ...

هى الفكرة كلها انه يمكنك استخدام العديد من الانزيمات لعمل نفس الشئ ... ولكن التخطيط الجيد هو الذى فرق هنا ... لان الانزيمات ليست ماكنية او الة تفعل ما نريده بالضبط بل هى مركبات كيمائية تخصع للعديد من العوامل التى تؤثر عليها ... حتى ان الكمبيوتر الذى يعتبر الة احيانا يعطل معانا .. فما بالك بلانزيمات ...

لذلك يراعى عند الكلونة عدم الافراط فى استخدام الانزيمات للدقة وايضا للتوفير  ...

اتمنى ان تكون استمعت بحل المشكلة ... واظن بما انك طالبة حاسب كان الحل عن طريق زرى كنترول + f >>>





 '>  

[bioComputer]

رابط الجزء العملى من الدورة

السلام عليكم ..

فى هذا رابط ستجدون انفسكم بداخل معمل احدى المستشفيات الطبية المحترمة ... ومهمتك هى معرفة الكائن الممرض ( نوع من البكتريا ) عن طريق الاحما النوية الخاصة به ..
طبعاً سقوم بعمل التكنيك الازم طبعا والعمل على الاجهزة وخلافه الى ان تصل الى تتابع خاص بالكائن ... وبعد ذلك عليك ستدخل الى موقع قواعد البيانات عبر الويب لتعرف تتابع الذى استخرجته يتبع اى كائن بالضبط ..


امامك عشرة دقائق لتنجز المهمة .... وسأنتظر منك النتيجة بعدها  

http://www.hhmi.org/biointeractive/vlabs/bacterial_id/index.html

بالتوفيق  '>


ستحتاج الى تحميل برنامج شوكويف بلير ..

[Dawn Breeze]

السلام عليكم ورحمة الله وبركاته

اقتباس

بس ما شاء محاولة رائعة جدا وموفقة بنسبة 100 %

الحمدلله، الله يبشرك بالخير يا أستاذ '> ..
بصراحة ما توقعت يكون الحل صحيح ..

اقتباس

يبدو انك عدبتيه بدون ان نحس ..ههههههههههه

لا ما عدلته، بس انا رديت كم مرة على التوالي، يمكن لهذا السبب

اقتباس

واظن بما انك طالبة حاسب كان الحل عن طريق زرى كنترول +f

لا لا، انا أشطر من الـctrl+f!  :'>
في الحقيقة رجعت للانزيمات في الدرس الثالث، واستخدمت جدول الانزيمات، واخترت انزيماتي من الجدول..
كان شغلي على ورقة علشان تكون عندي صورة واضحة للخطوات

[Dawn Breeze]

الدرس العملي عجبني!

رائع فعلا، وطريقة عرض عملية جدا، تقرب صورة الوضع داخل المعمل.. يا ليت تكون عندنا مختبرات في مدارسنا وجامعاتنا بهذا المستوى وأحسن، حتى الطلبة، برأيي، راح يتشجعون للدراسة..
أيام المدرسة كنا "نتخيّل" كثير من التجارب؛ لسبب حفظناه: (الوزارة/المدرسة ما عندها إمكانيات'> !!) الله يسامحهم!!


الحمدلله بعد الدرس العملي، توصلت إلى نوع البكتيريا الصحيح..


جزاك الله خير على هذه الجهود الطيبة أستاذنا bioComputer، وبارك الله لك في علمك، ورزقنا جميعا حسن العمل..

[ابو يوسف]

تم بنجاح

'>

اخي بيوكمبيوتر

الا تحتاجون قوى بشرية اضافية عندكم بالعمل؟

'>

[bioComputer]

الاخت Dawn Breeze  '>

اقتباس

لا لا، انا أشطر من الـctrl+f!   في الحقيقة رجعت للانزيمات في الدرس الثالث، واستخدمت جدول الانزيمات، واخترت انزيماتي من الجدول.. كان شغلي على ورقة علشان تكون عندي صورة واضحة للخطوات

ما شاء الله عليك لديك صبر جميل ..

اقتباس

رائع فعلا، وطريقة عرض عملية جدا، تقرب صورة الوضع داخل المعمل.. يا ليت تكون عندنا مختبرات في مدارسنا وجامعاتنا بهذا المستوى وأحسن، حتى الطلبة، برأيي، راح يتشجعون للدراسة..

الحقبقة هذا ما سنسعى اليه فى موقعنا هنا ونأمل فى تحقبقه فى ثلاث سنوات من الان ان شاء الله ... وابقوا ورينا همتكم بقى '>
وربما  بعد خمسة سنوات سنقتح جامعة العلوم التخيلية  ( حلم وما هناك شئ على الله بعزيز ) ...