Advanced Search

المحرر موضوع: دورة البيوانفورماتك :: الدرس الرابع - جـ1  (زيارة 5619 مرات)

0 الأعضاء و 1 ضيف يشاهدون هذا الموضوع.

أكتوبر 10, 2005, 07:48:14 صباحاً
زيارة 5619 مرات

bioComputer

  • عضو متقدم

  • ****

  • 746
    مشاركة

  • عضو مجلس الحاسب

    • مشاهدة الملف الشخصي
    • www.c4arab.com
دورة البيوانفورماتك :: الدرس الرابع - جـ1
« في: أكتوبر 10, 2005, 07:48:14 صباحاً »



بسم الله الرحمن الرحيم



دورة البيوانفورماتك :: الدرس الرابع - جـ1



لصق الجين بالبلازميد





نقل الجين الى البلازميد :


ما هو البلازميد :
هو عبارة شريط من الدنا على هيئة دائرة ووهى تتواجد بشكل رئيسى فى خلايا البكتريا المختلفة وبعض أنواع الخمائر، وشريط الدنا هذا هو الذى يتضاعف بشكل رئيسى ومستقل عن الكرموسومات .
وهى عادة تتضاعف نفسها قبل ان تنقسم الخلية البكترية وهكذا يتم توارثها وانتقالها الى الخلايا الاخرى الناتجة عن عملية الانقسام .
وللبلاسميد وظائف كثيرة منها انه يحتوى على جينات معينة تساهم فى مساعدة البكتريا على مقاومة المضادات الحيوية . ولذلك فان المضادات الحيوية التى يأخذها الانسان فى حالة الالتهابات قد تفقد مفعولها الدوائى نتيجة نشاط الجينات الموجودة فى البلازميد ..!!







أكتوبر 10, 2005, 07:55:55 صباحاً
رد #1

bioComputer

  • عضو متقدم

  • ****

  • 746
    مشاركة

  • عضو مجلس الحاسب

    • مشاهدة الملف الشخصي
    • www.c4arab.com
دورة البيوانفورماتك :: الدرس الرابع - جـ1
« رد #1 في: أكتوبر 10, 2005, 07:55:55 صباحاً »

لكى ندخل حين الى البلازميد نحتاج الى عمل الاتى :


نحتاج الى انزيم يقوم بقطع البلازميد مرة واحدة وايضا يقطع فى الدنا المراد النقل منه حتى يكون التتابع واحد فى البلازميد والجين مثل الإنزيم القاطع إيكو أر واحد (Eco RI ) يقطع عندما يجد 6 من الأحماض النووية في هذا التسلسل( GAATTC).



فيقوم هدا الانزيم بالقطع عند الادنين من كلا الجانبين ويترك نهايات لاصقة او بشكل متعرج cohesive or sticky




وبالتالى يتم ربط او لحم  الجين مع البلازميد عن طريق لصق قطعة الدي إن أي في داخل الفراغ الناتج من القطع فى البلازميد ينتج لنا قطعة مركبة من قطعتين مختلفتين من الدي إن أي و هذه القطعة تسمى دي إن أي مهجّن أو (Recombinant DNA ). كما  هو واضح بالشكل .
ويلاحظ طيعاً انه يمكن استعادة نفس الجين مرة اخرى عن طريق استخدام نفس  الانزيم مرة اخرى .. حيث انه لم يحدث اى تغير تتابع و تسلسل الدنا وظل مكان القطع كما هو ( GAATTC).

و ترتبط قطعة الدي إن فى البلازميد من أطرافها برابطة هيدروجينية و هي رابطة ضعيفة لذلك يضاف إنزيم يسمى ليجيز أو اللاصق(Ligase ) لكي يحول الترابط بين قطعة الدي إن أي و البلازميد إلى رابطة قوية (Covalent Bond ) .


أكتوبر 10, 2005, 08:01:54 صباحاً
رد #2

bioComputer

  • عضو متقدم

  • ****

  • 746
    مشاركة

  • عضو مجلس الحاسب

    • مشاهدة الملف الشخصي
    • www.c4arab.com
دورة البيوانفورماتك :: الدرس الرابع - جـ1
« رد #2 في: أكتوبر 10, 2005, 08:01:54 صباحاً »
وتعد طريقة القطع بأنزيم واحد فى كلا من البلازميد والجين طريقة جيدة الا انها غير مناسبة دائما .
لكن هناك نوع اخر من الانزيمات يقطع الحمض النووى ويترك نهايات غير لاصقة او نهايات تامة او حادة او بشكل رأسي مستقيم blunt ..
  مثل هدا الانزيم Alu I

       |
5'… A G C T … 3'
3'… T C G A … 5'
       |


وهدا النوع من القطع غير نشط للربط مباشرة . ولكن يتميز بأنه يمكن
ان اقطع البلازميد بانزيم معين بينما أقطع الجين بأنزيم اخر لان كلا منهما
لا ينتج نهاية لاصقة .
ولكن يعيب تلك الطريقة انه لايمكن استرجاع الجين بعد أن يتم الربط لانه بدلك تم تغير منطقة التعرف الخاصة بكل انزيم  مثال البلازميد له التتابع A A T T l

       |
5'… T T A A … 3'
3'… A A T T … 5'
       |
Vector الناقل





بعد القطع  :

      
5'… T T    A A … 3'
3'… A A    T T … 5'

Vector الناقل



 
 5'… C T …G A A T… A G … 3'
 3'… G A …C T T A… T C … 5'

بعد القطع   Insert الجين
               

      
____

يكون الناتج :


5'… T T C T …G A A T… A G A A … 3'
3'… A A C T …C T T A… T C T T … 5'
Vector  الناقل + Insert الجين




يلاحظ اختلاف تتابع تسلسل القواعد المزدوجة عن البداية .. و هنا لن يمكنا استرجاع الجين بنفس الانزيم الدى قطعنا به فى البدابة . ولذلك ينبغى الحذر والتخطيط الجيد واختيار الانزيمات المناسبة قبل بدأ عملية الكلونة .

أكتوبر 10, 2005, 08:04:28 صباحاً
رد #3

bioComputer

  • عضو متقدم

  • ****

  • 746
    مشاركة

  • عضو مجلس الحاسب

    • مشاهدة الملف الشخصي
    • www.c4arab.com
دورة البيوانفورماتك :: الدرس الرابع - جـ1
« رد #3 في: أكتوبر 10, 2005, 08:04:28 صباحاً »

طرق تحويل تسلسل النهايات غير لاصقة او النهايات التامة blunt  الى نهايات تامة :

يوجد طريقتان لزيادة مدى الارتباط مع الجين :
1-  باستخدام الوصلات Linker
2-  اضافة ذيل من سلسلة القواعد المتشابهة  Homopolymer tail



1- باستخدام الوصلات Linker :
الوصلات ما هى قطع صغيرة من الدنا مكونة صناعيا تحتوى على تسلسل اماكن القطع للانزيمات كتتابع انزيم إيكو أر واحد (Eco RI ) ( GAATTC).
بحيث يتم اضافته الى الجين من الطرفين فيعمل كحامل له .. وفى نفس الوقت يمكنى استرجاع الجين بعد النسخ بكل  سهولة .



2- عن طريق اضافة ذيل من سلسلةالقواعد المتشابهة  Homopolymer tail :
يتم اضافة العديد من القواعد المتشابهة فى نهاية الجين باستخدام انزيمات معينة .
ولكن يعيب تلك الطريقتان انه لا يمكن استعادة الجين مرة اخرى بسبب اختلاف التسلسل .



'<img'>