إذا ما قمنا بتقسيم البكتريا بحسب طريقة حصولها على الغذاء لمعرفة كيفية حصولها على الطاقة فإننا نجدها :
1. بكتيريا ذاتية التغذية:تجهز هذه البكتريا غذاءها من عناصر أو مركبات غير عضوية؛ ويستخدم بعض أنواعها الطاقة الشمية للقيام بعملة البناء الضوئي ، ويستخدم البعض الآخر الطاقة الكيميائية الناتجة من أكسدة العناصر والمواد الكيميائية لتثبيت ثاني أكسيد الكلابون وبناء احتياجاته من المواد العضوية.
2. بكتيريا غير ذاتية التغذية:وهي البكتيريا التي تحصل على الطاقة اللازمة لها بالتحليل الكيميائي للمركبات العضوية كالكربوهيدرات والدهون والبروتينات الجاهزة وتضم انواع البكتيريا المتطفلة والرمية.
البكتيرات الهوائية تحصل على الطاقة من الأكسجين الذي تتنفسه ومثالها البكتيريا المسببة لالتهاب الرئة.
البكتيرات اللاهوائية تعتمد في انتاج طاقتها على عمليات التنفس اللاهوائية ومثالها البكتيريا المسببة للتسمم الغذائي.
