تستخدم بعض أنواع الكائنات الحية ككواشف تدل على طبيعة أو ظروف البيئة المحيطة بها، ويكون ذلك إما بدليل وجودها أو غيابها أو وفرتها، وعلى سبيل المثال تستخدم بعض أنواع النباتات للاستدلال على مكامن خام اليورانيوم كأشجار الصنوبر ونبات العرعر ويمكن الاستدلال على ذلك بحرق كمية من أوراق هذه النباتات وتحليل الرماد المتخلف عنها فإذا كانت نسبة اليورانيوم بها تصل إلى جزأين في المليون فالكمية أو المخزون بالأرض من هذا الخام قابل للاستغلال التجاري.
ويعد وجود البكتيريا القولونية (وهي من الكائنات الدقيقة التي تعيش في أمعاء الإنسان والحيوان) في الماء دليلا على تلوثه بالفضلات الآدمية والحيوانية فإذا فاق عدد البكتيريا القولونية معايير معينة في بحيرة أو بركة، تمنع السباحة فيها. وتستخدم الطحالب أيضا لنفس الغرض حيث تدل على التلوث بمياه المجاري العامة فازدهار الطحلب الأخضر يدل على التلوث بينما يكشف الطحلب الأخضر المزرق عن التلوث الأكثر خطورة.
وهناك نوع آخر من الكواشف البيئية يتمثل في ظهور أعراض مرضية معينة مرتبطة ببيئة معينة أثرت على نبات أو حيوان فظهور تقرحات أو بعض على بعض أنواع النباتات يشير إلى وجود ملوثات هوائية معينة كما يدل وجود علامات بين أوراق البنفسج على تركيزات عالية من ثاني أو كسيد الكبريت، ويفسر ظهور علامات بيضاء صغيرة على نباتات التبغ بارتفاع مستوى تركيزات الأوزون في الهواء.
وتعد الكائنات الحية الدقيقة ذات مستوى التحمل الضيق أفضل ككواشف بيئية من الكائنات واسعة التحمل لأنه كلما ضاق مستوى التحمل في منطقة معينة مثلا يدل على أن المنطقة تعاني من الرعي الجائر دون أن يتأثر الغطاء النباتي ككل بينما تمثل الطحالب الدقيقة والمرئية أفضل أنواع الكواشف البيئية على الإطلاق لأنها تعطي استجابة حيوية سريعة لأية تغيرات في تركيبة ومكونات البيئة ووظيفتها.
